Setelah RUU Pengampunan Pajak disahkan menjadi UU, sebagian masyarakat yang tergabung dalam Serikat Perjuangan Rakyat Indonesia, Yayasan Satu Keadilan, Dewan Pengurus Pusat Serikat Buruh Sejahtera Indonesia, dan Konfederasi Serikat Pekerja Indonesia, menggugatnya UU tersebut ke Mahkamah Agung.

Ada 21 alasan para penggugat tersebut menggugat UU Pengampunan Pajak. Beberapa di antaranya karena mengizinkan praktik ilegal pencucian uang, pengampunan pajak memberi prioritas kepada penjahat kerah putih, dan UU pengampunan pajak dapat menjadi karpet merah bagi para pengemplang pajak.

Namun, gugatan tersebut kandas karena Mahkamah Agung menolak semua gugatan uji materi (judicial review) UU Nomor 11 Tahun 2016 tentang Tax Amnesty.

Meskipun waktu itu proses gugat masih berlangsung, akan tetapi para wajib pajak besar seakan tidak mempedulikan hal tersebut dan memilih ikut program pengampunan pajak.

Hal tersebut terlihat dari munculnya beberapa pengusaha kelas kakap yang mengikuti program tersebut, seperti James Riady, Boy Garibaldi Thohir, Erick Thohir, Tommy Soeharto, AM Hendripriyono, Roslan Roeslani dan lain-lainnya.

"Saya datang untuk ikut tax amnesty, selama ini tidak ada satu pikiran pun untuk tidak jujur kepada pajak. Dalam kerja saya hanya bekerja lebih cepat untuk meningkatkan lapangan kerja," kata James saat mengikuti program pengampunan pajak di Kanwil Wajib Pajak Besar, Sudirman, waktu itu.

Pencapaian periode pertama terbilang cukup sukses, dimana penerimaan negara dari pengampunan pajak mencapai Rp 97,2 triliun dari wajib pajak perorangan maupun badan mencapai 367.464 wajib pajak.

Tercatat, hingga September 2016 dana repatriasi program pengampunan pajak tertinggi dari Singapura sebesar Rp 6,27 triliun, Swiss senilai Rp 677,1 miliar, Australia mencapai Rp 124,72 miliar, Amerika Serikat Rp 86,24 miliar dan British Virgin Islands dengan repatriasi Rp 32,66 miliar, dan negara lainnya.

Hingga akhir program pengampunan pajak, pemerintah berharap mendapat penerimaan sebesar Rp 165 triliun dengan perkiraan jumlah repatriasi Rp 1.000 triliun dan deklarasi mencapai Rp 4.000 triliun.

Pencapaian pengampunan pajak selama tiga bulan berjalan dinilai Ketua Asosiasi Pengusaha Indonesia (Apindo) Hariyadi B Sukamdani berjalan sukses dan pengusaha kelas kakap telah banyak mengikuti program tersebut.

"Pemerintah sudah berhasil, pengusaha-pengusaha besar juga sudah banyak yang ikut. Saya perkirakan sampai Maret 2017 uang tebusan bisa sekitar Rp 130 triliun," tutur Hariyadi.

Hingga akhir September 2016, realisasi penerimaan pajak sebesar Rp 896,1 triliun, atau naik tipis dari periode yang sama tahun sebelumnya Rp 800,9 triliun.

Menteri Keuangan Sri Mulyani Indrawati mengatakan, kelebihan penerimaan pajak tahun ini disumbang oleh penerimaan dana tebusan program pengampunan pajak sebesar Rp 97 triliun hingga akhir September 2016.

Artinya, jika program pengampunan pajak tidak digulirkan pemerintah maka realisasi penerimaan pajak tidak berbeda dari pencapaian tahun lalu.