Setelah satu periode menjabat sebagai kepala eksekutif lokal, Sara Duterte fokus pada praktik swasta sebagai pengacara, dan kemudian menjabat sebagai wali kota lagi dari tahun 2016 hingga 2022, saat ayahnya menjabat sebagai presiden Filipina.​

Prioritas kebijakan Sara Duterte meliputi perdamaian dan ketertiban serta penyediaan dukungan mata pencaharian bagi konstituennya.

Ia juga mendirikan saluran telepon khusus untuk laporan anonim tentang insiden pelecehan anak.

Dalam survei menjelang tahun pemilihan 2022, ia merupakan calon presiden potensial yang disukai oleh sebagian besar pemilih, sehingga mengecewakan ayahnya ketika ia memutuskan untuk mencalonkan diri sebagai wakil presiden, yakni sebagai calon wakil presiden dari mantan senator Ferdinand Marcos Jr.

Dengan mengusung platform “persatuan”, kedua kandidat ini berjanji untuk melanjutkan kebijakan yang digagas oleh pendahulu mereka, yang keduanya dianggap sebagai presiden otoriter.

Bersamaan dengan perannya sebagai wakil presiden, Sara Duterte juga menjabat sebagai sekretaris Departemen Pendidikan (DepEd), birokrasi terbesar dalam pemerintahan Filipina.

Di bawah pengawasannya, Agenda MATATAG diluncurkan.

Program tersebut bertujuan untuk merevisi kurikulum pendidikan dasar dengan mengurangi kepadatannya, menyediakan fasilitas dan layanan lebih cepat, memprioritaskan kesejahteraan siswa, dan memberikan dukungan yang lebih baik bagi guru, termasuk membebaskan mereka dari tugas-tugas non-mengajar.

Namun, ia dikritik karena menolak seruan kenaikan gaji guru sekolah negeri, memerintahkan pengupasan alat bantu pembelajaran visual di ruang kelas, dan mendapatkan ratusan juta peso dalam bentuk dana rahasia dan intelijen serta menghabiskannya hanya dalam 11 hari.

Ia mengundurkan diri dari DepEd dua tahun setelah pengangkatannya, serta dari jabatan Kabinet lainnya, wakil ketua Satuan Tugas Nasional untuk Mengakhiri Konflik Bersenjata Komunis Lokal. Ia tidak menyebutkan alasan pengunduran dirinya.

Sara Duterte secara konsisten mencatatkan peringkat kepercayaan dan persetujuan tertinggi di antara pejabat pemerintah nasional di Filipina.

Survei terkini juga menunjukkan dia sebagai kandidat kuat calon presiden pemilihan presiden Filipina tahun 2028 mendatang.

Seteru Dua Keluarga Dinasti Politik

Sara Duterte selama ini cenderung bicara meledak-ledak dan terbawa emosi saat menyampaikan ancaman tersebut.

Konflik Marcos Jr dan Sara Duterte mulai memanas pada Juni 2022.