Selesai kuliah, Anis sempat menjadi dosen agama Islam di Program Ekstension Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia, Depok.

Salah satu aktivitas yang ditekuni Anis adalah berdakwah di masjid-masjid perkantoran di Jakarta.

Ia juga menekuni profesi sebagai pembicara dan konsultan pengembangan organisasi dan manajemen sumber daya manusia.

Anis kemudian terjun ke dunia politik pada 1998. Dia adalah salah satu pendiri Partai Keadilan (PK) yang dideklarasikan di Jakarta pada 20 Juli 1998.

Setelah pemilihan umum 1999, PK berganti nama menjadi Partai Keadilan Sejahtera (PKS) pada 2 Juli 2003.

Anis menjadi sekretaris jenderal sejak partai berdiri hingga diangkat oleh Majelis Syuro PKS menjadi presiden partai pada 1 Februari 2013 sampai 10 Agustus 2015.

Anis terpilih menjadi anggota DPR periode 2004-2009 dan 2009-2014 dari daerah pemilihan Sulawesi Selatan I (Kota Makassar, Kabupaten Gowa, Takalar, Jeneponto, Bantaeng, dan Kepulauan Selayar).

Pada periode keduanya di Senayan, Anis terpilih menjadi Wakil Ketua DPR RI hingga memutuskan mengundurkan diri pada saat diangkat menjadi Presiden PKS.

Anis diangkat menjadi presiden dalam situasi sulit. Pada 2013 Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menangkap Presiden PKS Luthfi Hasan Ishaaq dalam kasus suap kuota impor daging sapi.

Selain itu, pada saat itu juga terdapat perselisihan di kalangan dalam PKS yakni antara mantan Ketua Majelis Syuro Hilmi Aminuddin dengan sejumlah tokoh senior PKS.

Ketika kasus itu menerpa PKS, Anis kemudian menggalang konsolidasi internal. Dia lantas mengubah jargon partai menjadi “Cinta. Kerja. Harmoni.”

Saat itu banyak pihak khawatir PKS tak bakal selamat di pemilihan umum (Pemilu) 2014. Namun, ternyata mereka masih bisa lolos ke parlemen.

Walaupun jumlah kursi turun karena dinamika sistem pemilu, tetapi angka suara pemilih naik sekitar 3,3 persen menjadi 8,48 juta suara.

Akan tetapi, karena konflik internal membuat PKS memutuskan memecat Anis dan salah satu sahabatnya, Fahri Hamzah.