Ia diminta mengubah isi disertasi karena dianggap membahayakan keselamatan negara.

Baca juga: Upah Nominal Buruh Tani Masih Jauh di Bawah Kuli Bangunan

Pada Januari 1994, Muchtar Pakpahan kemudian ditahan di Semarang, Agustus 1994 dan bebas pada Mei 1995.

Disertasi itu kemudian diterbitkan menjadi buku berjudul DPR RI Semasa Orde Baru (1994).

Namun, Muhctar Pakpahan kembali mendekam penjara pada 1996 di LP Cipinang.

Ia keluar-masuk penjara akibat rangkaian disertasi yang selanjutnya terbit buku "Potret Negara Indonesia", yang isinya diperlukan reformasi sebagai alternatif revolusi.

Saat itu, Muchtar Pakpahan terancam hukuman mati karena melakukan subversi terhadap Presiden Soeharto.

Ketika Muchtar Pakpahan di penjara, lagu-lagu perjuangan dan lagu rohani tercipta dan hingga kini masih didendangkan.

Total ada 25 lagu ciptaan Muchtar.

Setelah mengakhiri kebersamaan dengan SBSI, ia kemudian mendirikan Partai Buruh Sosial Demokrat pada 2003.

Muchtar Pakpahan pun didapuk menjadi ketua umum.

Muchtar Pakpahan mendirikan partai ini tak lepas dari kekecewaannya terhadap teman-temannya yang duduk di DPR RI karena menyetujui outsourcing dan kontrak dimasukkan dalam UU Nomor 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan.

Ketika menjadi Ketua Umum PBSD, ia harus meninggalkan beberapa jabatan lainnya.

Yaitu sebagai Ketua Umum DPP SBSI, Governing Body ILO dan Wakil Presiden Konfederasi Buruh Sedunia.

Pada 2010, ia menanggalkan partai tersebut dan mengalihkan konsentrasi di firma hukum, Muchtar Pakpahan Associates dan menjadi pengajar di Fakultas Hukum Universitas Kristen Indonesia (UKI).

Penghargaan Internasional

Aksi-aksi Muchtar melawan ketidakadilan mendapat sorotan dari dunia internasional.