Terkait kebijakan sistem zonasi sekolah dalam penerimaan peserta didik baru (PPDB), Nadiem tetap mempertanyakannya. Namun Nadiem melakukan revisi terhadap sistem ini dengan memperbanyak porsi bagi siswa yang berprestasi.
"Arahannya untuk kebijakan ke depan adalah sedikit kelonggaran dalam memberikan zonasi. Yang tadinya jalur prestasi hanya 15 persen. Sekarang jalur prestasi kami perbolehkan sampai 30 persen," ujar Nadiem.
Komposisi PPDB jalur zonasi dapat menerima siswa minimal 50 persen, jalur afirmasi minimal 15 persen, dan jalur perpindahan maksimal 5 persen. Sedangkan untuk jalur prestasi atau sisa 0-30 persen lainnya disesuaikan dengan kondisi daerah.