Namun, praktik peradilan pelanggaran berat HAM di Indonesia enggan bekerja untuk menemukan dan membawa pelaku kejahatan bertanggung jawab secara hukum, terbukti dari bebasnya seluruh Terdakwa yang dibawa ke pengadilan. 

Bebasnya Terdakwa bukan berarti tidak ada pelanggaran berat HAM, melainkan menjadi tugas utama dari aparat penegak hukum untuk mengumpulkan alat bukti yang kuat dan membuktikan unsur kejahatan di hadapan Pengadilan agar pelaku kejahatan bertanggung jawab secara pidana dan tidak melenggang bebas. 

Pola pikir sesat demikian, menurut KontraS kemudian membuat Tim PPHAM hanya memberi rekomendasi atas 12 kasus dan mengesampingkan korban Tanjung Priok 1984, Timor Timur 1999, dan Abepura 2000. 

Setelah membiarkan semua Terdakwa bebas, kata KontraS Negara masih membiarkan korban ketiga kasus tidak menerima apapun, baik keadilan, pengungkapan kebenaran, pemulihan atau memorialisasi. 

Padahal, menurur KontraS pada masa kampanyenya sebelum menjadi Presiden, Presiden Joko Widodo berjanji melalui Nawacita untuk “menyelesaikan secara berkeadilan terhadap kasus-kasus pelanggaran HAM di masa lalu seperti: Kerusuhan Mei, Trisakti-Semanggi 1 dan 2, Penghilangan Paksa, Talangsari Lampung, Tanjung Priok, Tragedi 1965” serta “menghapus semua bentuk impunitas dalam sistem hukum nasional, termasuk di dalamnya merevisi UU Peradilan Militer yang pada masa lalu merupakan salah satu pelanggaran HAM”.

Baca juga: Ibu Korban Tragedi Semanggi I Kritik Pengakuan Presiden Atas Kasus Pelanggaran HAM Berat Masa Lalu

Pada akhirnya, menurut KontraS jika rekomendasi dari Tim PPHAM Berat Masa Lalu hanya melahirkan tim baru, tanpa adanya kebaruan cara serta keterdesakan untuk mendorong tanggung jawab negara, maka rekomendasi tersebut hanya berujung pada bertambahnya utang penuntasan pelanggaran HAM berat yang akan berujung pada dagangan politik pihak-pihak yang mencari kekuasaan belaka.

Diberitakan sebelumnya Presiden Joko Widodo (Jokowi) mengakui secara resmi terjadinya berbagai peristiwa pelanggaran HAM berat masa lalu. 

Presiden mengakui adanya pelanggaran HAM setelah menerima laporan akhir Tim Pelaksana Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran Hak Asasi Manusia yang Berat Masa Lalu (PPHAM) di Istana Kepresidenan, Jakarta, Rabu, (11/1/2023).

“Saya telah membaca dengan seksama laporan dari Tim Pelaksana Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran Hak Asasi Manusia yang Berat yang dibentuk berdasarkan keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2022,” katanya.

“Dengan pikiran yang jernih dan hati yang tulus saya sebagai kepala negara Republik Indonesia mengakui bahwa pelanggaran hak asasi manusia yang berat memang terjadi di berbagai peristiwa,” katanya.

Sebelumnya negara belum pernah mengakui adanya pelanggaran HAM berat di masa lalu.

Presiden sangat menyesalkan terjadinya peristiwa pelanggaran HAM yang berat tersebut. 

Peristiwa yang diakui sebagai pelanggaran HAM Berat diantaranya yakni:

1) Peristiwa 1965-1966,
2) Peristiwa Penembakan Misterius 1982-1985,
3) Peristiwa Talangsari, Lampung 1989,
4) Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis, Aceh 1989,
5) Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998,
6) Peristiwa Kerusuhan Mei 1998,
7) Peristiwa Trisakti dan Semanggi I - II 1998-1999,
8) Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999,
9) Peristiwa Simpang KKA, Aceh 1999,
10) Peristiwa Wasior, Papua 2001-2002,
11) Peristiwa Wamena, Papua 2003, dan
12) Peristiwa Jambo Keupok, Aceh 2003.

Presiden menaruh simpati dan empati yang mendalam kepada para korban dan keluarga korban peristiwa tersebut.