Tahun 2006 Kardinal Schönborn mengangkat Pastor Markus menjadi Rektor Institut Internasional Asia-Afrika (Afro-Asiatisches Institut, AAI) di kota Wina.
Kini Berkarya di Tahta Suci Vatikan
Baru beberapa bulan berkarya, beliau mendapat panggilan dari Takhta Suci Vatikan untuk menjadi staf Penasehat pada Dewan Kepausan untuk Dialog Antar Umat Beragama (Pontifical Council for Interreligious Dialogue, PCID) di Vatikan.
Bulan Juli 2007 Pastor Markus resmi bergabung dengan Dewan Kepausan ini dan menangani Desk Dialog Katolik-Islam di Asia dan Pasifik.
Sejak tahun 2015, Pastor Markus yang adalah orang Indonesia pertama di Kuria Tahta Suci Vatikan ini, selain menangani Desk Islam di Asia dan Pasifik, juga dipercayakan sebuah tugas lain, yakni sebagai Wakil Presiden Yayasan Nostra Aetate yang bertugas untuk memajukan Pendidikan Perdamaian dan Pembentukan Duta-duta Perdamaian dari berbagai agama non-Kristiani bertempat di kota Roma dan Vatikan.
Di luar dari tugas-tugas Dialog keagamaan tersebut, Pastor Markus yang memiliki hobi di bagian musik dan olahraga.
Sejak tahun 2015, Pastor Markus juga menjadi seorang Cerimonial liturgi dari Paus Fransiskus di Vatikan. (tribun network/thf/Tribunnews.com/PosKupang.com/TribunFlores.com)