Sementara Staf Markas Besar Angkatan Perang Mobil menjadi pelaksana taktis operasional.
Keputusan Presiden ini menimbulkan reaksi di kalangan Angkatan Perang.
Kemudian tanggal 27 Februari 1948, Presiden mengeluarkan Penetapan Presiden No.9 Tahun 1948.
Penetapan Presiden ini membatalkan penetapan yang lama dan mengeluarkan penetapan baru.
Dalam penetapan yang baru ini, Staf Angkatan Perang tetap di bawah Komodor Suryadarma.
Sementara itu, Markas Besar Pertempuran tetap di bawah Panglima Besar Jenderal Soedirman dan ditambah Wakil Panglima yaitu Jenderal Mayor A.H. Nasution.
Angkatan Perang berada di bawah seorang Kepala Staf Angkatan Perang (KASAP).
KASAP ini membawahi:
- Kepala Staf Angkatan Darat (KASAD);
- Kepala Staf Angkatan Laut (KASAL);
- Kepala Staf Angkatan Udara (KASAU).
Dalam penataan organisasi ini dibagi menjadi 2 bagian, yaitu:
- Penataan kementerian dan pimpinan tertinggi ditangani oleh KASAP;
- Pasukan serta daerah-daerah pertahanan ditangani oleh Wakil Panglima Besar Angkatan Perang.