Menurut penuturan Mahfud MD, bagian yang menulis rekomendasi yaitu Direktorat Jenderal menyatakan khilaf karena kesalahan prosedur.

Selanjutnya, Menteri Agama yang baru, Fachrul Razi membuat rekomendasi baru untuk FPI.

Mahfud MD mengatakan Fachrul Razi membuat rekomendasi karena pihak FPI telah membuat surat pernyataan yang di antaranya berisi akan setia pada Pancasila, tidak melanggar hukum, dan setia pada konstitusi.

"Kemudian dipermasalahkan oleh menteri dalam negeri yang baru, dulu belum ada persyaratannya kenapa ini rekomendasinya keluar kan ada masalah dengan AD/ART," terang Mahfud MD.

"Lalu sesudah itu dipanggil yang membuat, Dirjennya mengatakan khilaf, mengakui salah prosedur."

"Kemudian Menteri Agama yang baru, Fachrul Razi membuat rekomendasi baru."

"Katanya sudah diberi karena sudah membuat pernyataan akan setia kepada Pancasila, tidak melanggar hukum, setia pada konstitusi, dan sebagainya itu."

Mahfud MD akhirnya mengundang Tito Karnavian dan Fachrul Razi untuk mendiskusikan permasalahan perpanjangan izin FPI ini di kantor Kementerian Kopolhukam.

Dalam perbincangan tersebut disimpulkan permasalahan yang sedang dihadapi oleh FPI adalah mengenai AD/ART.

Namun, Mahfud MD menjelaskan AD/ART tidak dapat digantikan oleh surat pernyataan yang bermaterai.

Karena nantinya surat pernyataan tersebut tidak akan diumumkan pada publik, melainkan AD/ART FPI yang dibuat oleh notaris.

Akhirnya, dalam diskusi antara tiga menteri tersebut menyepakati untuk dikembalikan pada Fachrul Razi agar dapat diklarifikasi terlebih dahulu.

"Lalu saya undang dua-duanya, pada hari Rabu lalu di kantor saya, bersepakat begini masalah yang melekat pada FPI itu ada AD/ART nya," ujar Mahfud MD.

"Oleh sebab itu yang jadi masalah tidak bisa AD/ART tersebut diganti oleh surat pernyataan bermaterai."